Pada tahun 1989, beliau dipelawa oleh Kim Young Sam aka YS, ketua Parti Demokratik Bersatu pada masa berikutnya. Namun, partinya ingin bergabung dengan Parti Keadilan Demokratik (parti pimpinan) dan Parti Republik Demokratik (Baru). Ia ditolak oleh beberapa ahli parlimen daripada parti itu. Akhirnya, Ahn membuat keputusan yang beliau tidak akan setuju kepada YS dan tinggalkan parti tersebut. Tahun 1992, beliau tinggalkan dunia politik dan pulang ke pelajarannya.

Di universitinya, beliau tidak ada sebarang sahabat yang menemani. Bagaimanapun, ada seorang yang mengertinya, iaitu Roh Moo Hyun bakan Presiden Republik. Kedua-dua insan itu lalu berkawan sesama diri, dan tahun 2001 Ahn menjadi setiausaha bagi Roh.

Malah, keadaannya tidak stabil kerana beliau didedahkan kes rasuah bahawa beliau terima duit daripada beberapa syarikat terkenal. Oleh itu, beliau dihukum penjara selama setahun dari perbicaraan Mahkamah Tinggi. Dalam perbicaraan tersebut, beliau merayu kepada hakim agar dihukum yang ketat.[3]

Tahun 2005, Ahn dibebaskan dan diampunkan pada tahun hadapan. Beliau mencabar keahlian parlimen pada tahun 2008, meskipun kalah akibat rekod jenayah tersebut di atas.